Earliella
scabrosa

Echinochondrium
pulchrum

Echinodontium
tinctorium - tsugicola

Echinodothis
tuberiformis

Echinopodospora
effusa - jamaicensis - sacchari - spinosa - terrestris - vermicularis - verruculosa

Echinosporangium
transversale

Edmundmasonia
pulchra

Eichleriella
deglubens - leveilleana - spinulosa

Eleutherascus
cristatus - lectardii - peruvianus - tuberculatus

Eleutheromyces
subulatus

Ellisomyces
anomalus

Elmerina
cladophora

Elsinoe
annonae - arrudai - australis - caleae - centrolobii - diospyri - fawcettii - heveae - jasmini - ledi - lepagei - mangiferae - oleae - phaseoli - piri - pitangae - quercus-ilicis - randii - rosarum - solidaginis - theae - tiliae - veneta - zizyphi

Elytroderma
deformans

Embellisia
abundans - allii - annulata - chlamydospora - conoidea - dennisii - didymospora - hyacinthi - indefessa - leptinellae - novae-zelandiae - planifunda - proteae - tellustris - tumida

Emericella
appendiculata - bicolor - cleistominuta - corrugata - desertorum - falconensis - foeniculicola - foveolata - fruticulosa - heterothallica - navahoensis - nidulans - parvathecia - pluriseminata - purpurea - quadrilineata - rugulosa - similis - spectabilis - striata - undulata - unguis - variecolor - violacea

Emericellopsis
donezkii - glabra - humicola - maritima - microspora - minima - mirabilis - pallida - pusilla - robusta - salmosynnemata - sphaerospora - stolkiae - synnematicola - terricola

Emilmuelleria
spirotricha

Emmonsia
parva - pasteuriana

Encoelia
fascicularis - petrakii

Encoeliopsis
rhododendri

Endocalyx
cinctus - indumentum - melanoxanthus

Endomelanconium
microsporum

Endomyces
fibuliger - scopularum

Endophragmia
dimorphospora - elliptica - taxi

Endophragmiella
boewei - uniseptata

Endothia
eugeniae - fluens - gyrosa - radicalis - viridistroma

Endothiella
singularis

Engyodontium
album - aranearum

Enridescalsia
speciosa

Enterocarpus
grenotii

Enterographa
zephyri

Entodesmium
niessleanum - rude

Entoloma
apiculatum - byssisedum - jubatum - juncinum - mammosum - nitidum - pascuum - sericeum - vernum

Entomophaga
destruens

Entomophthora
blunckii - exitialis - sphaerosperma - thaxteriana

Entonaema
cinnabarina

Entophlyctis
confervae-glomeratae

Entyloma
arnoseridis - calendulae - dactylidis - dahliae - ficariae - gaillardanum - holwayi - nymphaeae - serotinum - thirumalacharii

Ephelis
oryzae

Ephemeroascus
verticillatus

Epichloe
amarillans - bakonii - brachyelytri - bromicola - clarkii - festucae - sylvatica - typhina

Epicoccum
nigrum

Epidermophyton
floccosum

Epiphegia
microcarpa

Epipolaeum
longisetosum

Epithele
citrispora - efibulata - malaiensis - nikau - typhae

Epithyrium
resinae

Epulorhiza
anaticula

Epulorhiza,
R.T.

Eremascus
albus - fertilis

Eremodothis
angulata

Eremomyces
bilateralis

Eremothecium
ashbyi - cymbalariae - gossypii

Eriopeziza
caesia

Erynia
kondoiensis - radicans

Erythricium
salmonicolor

Escovopsis
aspergilloides - weberi

Esteya
vermicola

Eupenicillium
abidjanum - angustiporcatum - baarnense - bovifimosum - brefeldianum - catenatum - cinnamopurpureum - crustaceum - cryptum - euglaucum - inusitatum - javanicum - lapidosum - levitum - limosum - meridianum - nepalense - ochrosalmoneum - osmophilum - parvum - pinetorum - senticosum - shearii - sinaicum - stolkiae - terrenum

Europhium
aureum - clavigerum - robustum - trinacriforme

Eurotium
amstelodami - appendiculatum - athecium - carnoyi - chevalieri - cristatum - echinulatum - glabrum - halophilicum - herbariorum - heterocaryoticum - intermedium - leucocarpum - medium - montevideense - niveoglaucum - pseudoglaucum - rubrum - spiculosum - tonophilum - umbrosum - xerophilum

Eutryblidiella
hysterina

Eutypa
acharii - armeniacae - astroidea - crustata - flavovirens - laevata - lata - lejoplaca - leptoplaca - maura - petrakii - polycocca - quercicola - sparsa - spinosa - tetragona

Eutypella
alsophila - caricae - cerviculata - dissepta - extensa - leprosa - parasitica - prunastri - quaternata - scoparia - sorbi - stellulata - tetraploa - virescens

Everhartia
hymenuloides - lignitalis

Exarmidium
inclusum

Exidia
glandulosa - recisa - saccharina - thuretiana - truncata

Exobasidium
bisporum - camelliae - cylindrosporum - gracile - japonicum - karstenii - pachysporum - pieridis-ovalifoliae - reticulatum - rhododendri - shiraianum - symploci-japonicae - vaccinii - vexans - yoshinagai

Exochalara
guadalcanalensis - longissima

Exophiala
alcalophila - angulospora - attenuata - bergeri - castellanii - dermatitidis - dopicola - jeanselmei - lecanii-corni - mesophila - moniliae - nigra - oligosperma - phaeomuriformis - pisciphila - prototropha - psychrophila - salmonis - spinifera

Exosporium
stylobatum - tiliae

Exserohilum
antillanum - curvatum - gedarefense - inaequale - macginnisii - oryzicola - pedicellatum - rostratum